Es lo que hay, el pegar subtítulos lleva su tiempo...
Pero te puedes ahorrar un paso, puedes pasar el AVI a VCD y a la vez pegar los subtitulos. Mira este manual:
www.mundodivx.com/subtitulos/ffdshow.php
Con eso obtienes un único MPG con los subtitulos pegados. Si lo haces en formato CVCD, te cabrá en un único CD (en ese caso tienes que grabarlo con el Nero Bunirng ROM y no con el Nero Vision Express). Si lo haces en VCD te ocupará dos CD, lo que te recomiendo es que hagas el archivo de un trozo y luego al final lo dividas. En esa página tienes los manuales necesarios.
www.mundodivx.com/varios/dividirmpg.php - Dividir MPG
www.mundodivx.com/grabacion/mpeg.php - Grabar MPG en Nero Burning ROM
www.mundodivx.com/mpeg/index.php - Conversión a MPG (VCD, CVCD, etc...)