Será algo como sincronizar subtítulos, debes escuchar el último audio donde puedas reconocer su vinculación con el video

... A ver, donde haya un audio que sepas donde va, y entre más al final del video, con eso te puedes ayudar para reacomodarlo, lo más seguro es que tengas la des sincronización, pero el audio se rellene con silencio... si puedes revisar el audio, y comprobar si al final hay un silencio... que bueno, es difícil explicarlo, porque el audio puede ir más rápido (habría un silencio al final) o puede ir más lento (sobraría audio al finalizar el video)... y depende del contenido también.... Son de esas cosas que hay que verlas y escucharlas, porque explicadas puede no ser comrensible
Si el video no pasa de 100 megas podrías subirlo a rapidshare para revisarlo...