Definitivamente va a ser difícil que tengamos un estandar de facto en cuanto a Codecs.
Mientras que Google batalla en contra del H.264 (y de Apple que lo promueve) con su WebM, ahora viene Microsoft y se mantiene firme que H.264 es el camino.
http://blogs.msdn.com/b/ie/archive/2...eo-in-ie9.aspx
El resultado al final de esto, de retirarse el soporte en las plataformas de Google, es que Flash seguirá siendo el camino para mostrar vídeo en muchas plataformas y no precisamente el tag <video> en html5, ya que codificar con varios codecs para poder trabajar es más complicado de lo que parece.
Igual, confieso que yo seguiré subiendo los vídeos a youtube, vimeo o blip.tv y que ellos se peleen con los navegadores correspondientes.