Problema con instalador de Aplicación Web Personalizado

[Rodolfo Israel]

Hola a todos, tengo el siguiente problema, necesito hacer el programa instalador de mi aplicacion web, pero para que mi sitio web pueda funcionar necesito configurar como 20 parametros ademas de crear la base de datos y de sobreescribir el web.config despues de copiar los archivos del proyecto al directorio virtual, por lo que creé una aplicacion tipo windows que me configura los parametros, crea la base de datos y me sobreescribe el web.config, mi duda es si puedo llamar a esta aplicacion desde el programa instalador exactamente despues de que copie todos los archivos y forzar al usuario a que antes de que el programa instalador termine configure todos los parametros necesarios para que la aplicacion web pueda funcionar, espero haberme explicado y cualquier sugerencia es bien recibida. gracias de antemano.