He leido de un reciente acurdo entre microsoft y novell donde se dan los primeros pasos hacia la interoperabilidad de ambos SO. En primera medida se trabajaran sobre virtualizacion, formatos comunes de documentos y web services y flexibilizacion de patentes... leanlo!!
http://www.novell.com/news/press/item.jsp?id=1196
para los mas ociosos, la version corta

Si bien no se dice oficialmente, creo que esto fortalecera el crecimiento de Mono y pronto podremos correr nuestras app en linux y windows en forma transparente...
Espero alguna opinion...
saludos
Pedrok