bueno debes saber no por que el At nos e puede apagar sola y el ATX si es su diferencia y digas que se comporta como ATX (como dato cultiral

)
Haber como no especificaste que sistema operativo tienes te dare para el XP que es donde mas sucede esto, has esto y ya se podra apagar sola tu maquina:
Te vas a panel de control y Administracion de Energia, no recuerdo el nombre de la pestaña pero si no es la penultima es la ultima pero si recuerdo mas o menos el texto que dice y ese es que el equipo ha detectado que puede activarse una configuracion avanzada para administracion del energia y bla bla bla... abajito hay un checkbox que deberas marcar con una palomita (creo que dice activar administracion de energia avanzada o algo asi) y una vez hecho esto le das aceptar.
Eso es todo , ahora podras poner apagar equipo y tu pc de debera apagar sola.