En teoría no debería de habar ningún problema pero en la práctica resulta a veces mas dificil que una aventura gráfica.
Lo mejor es que tengas instalado un windows98, además del w2000, para jugar a lo que quieras. Así puedes dejar al w2000 solo para cosas de trabajo y no le machacas el registro.
Verás, cuando haces muchas instalaciones/desistalaciones bien sea de aplicaciones o juegos, se va llenando el registro de windows y al final se ralentiza. Al final o lo limpias de registros innnecesarios, que se han quedado ahi porque al desisntalar no se han eliminado, con programas especiales o instalas de nuevo el SOpertaivo (es la mejor solucion). Asi que si tienes un windows 98 para solo juegos en cuanto te vaya lento, lo quitas, lo vuelves a poner y listo.
Un saludo. :P