algo que yo probe y funcionó muy bien, eso si, no uso tipos de datos "raros", fue lo siguiente:
1. bajar el odbc de mysql (
www.mysql.com)
2. configurarun dsn para que se pueda conectar al servidor mysql correspondiente, con las siguientes opciones:
- colocar en databasename la base a usar, que debe corresponder con la que vas a exportar desde sqlserver
- usuario
- password
- puerto (por defecto 3306)
3. crear en mysql una base con el mismo nombre que la que tienes en sqlserver, sólo crearla no es necesario crearle tablas.
4. entrar al enterprise manager, hacer click derecho sobre la base a exportar, elegir "todas las tareas", seleccionar el item "exportar datos", elegir origen, elegir el destino (usar el dsn que creaste mas user y pass), seleccionar las tablas a exportar.
espero te resulte, no exportes las vistas ni los indices y todo ese tipo de cosas que quizá te den errores, sólo las tablas.