esto es lo que encontre en la pagina oficial mysql
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16.3 InnoDB in MySQL 3.23
Beginning with MySQL 4.0, InnoDB is enabled by default, so the following information applies only to MySQL 3.23.
InnoDB tables are included in the MySQL source distribution starting from 3.23.34a and are activated in the MySQL-Max binaries of the 3.23 series. For Windows, the MySQL-Max binaries are included in the standard distribution.
If you have downloaded a binary version of MySQL that includes support for InnoDB, simply follow the instructions of the MySQL manual for installing a binary version of MySQL. If you already have MySQL 3.23 installed, the simplest way to install MySQL-Max is to replace the executable mysqld server with the corresponding executable from the MySQL-Max distribution. MySQL and MySQL-Max differ only in the server executable. See section 2.2.5 Installing MySQL on Other Unix-Like Systems and section 5.1.2 The mysqld-max Extended MySQL Server.
To compile the MySQL source code with InnoDB support, download MySQL 3.23.34a or newer from
http://www.mysql.com/ and configure MySQL with the --with-innodb option. See section 2.3 MySQL Installation Using a Source Distribution.
To use InnoDB tables with MySQL 3.23, you must specify configuration parameters in the [mysqld] section of the `my.cnf' option file. On Windows, you can use `my.ini' instead. If you do not configure InnoDB in the option file, InnoDB will not start. (From MySQL 4.0 on, InnoDB uses default parameters if you do not specify any. However, to get best performance, it is still recommended that you use parameters appropriate for your system, as discussed in section 16.4 InnoDB Configuration.)
In MySQL 3.23, you must specify at the minimum an innodb_data_file_path value to configure the InnoDB data files. For example, to configure InnoDB to use a single 10MB auto-extending data file, place the following setting in the [mysqld] section of your option file:
[mysqld]
innodb_data_file_path=ibdata1:10M:autoextend
InnoDB will create the `ibdata1' file in the MySQL data directory by default. To specify the location explicitly, specify an innodb_data_home_dir setting. See section 16.4 InnoDB Configuration.
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tambien comenta una pagina referente a este link lo siguiente
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En la práctica me topé con dos problemas:
Activar InnoDB: Por default, aunque MySQL soporte InnoDB no está activado, esto es porque puede hacer un poco lento el inicio del servidor, además de consumir más recursos que los normales, para activar InnoDB hay que modificar el archivo de configuración de MySQL (en mi caso /etc/mysql/my.cfg) y asegurarse que NO tenga la opción skip-innodb activada, al comentarla pude utilizar InnoDB sin problemas. Para poner una tabla en este formato sólo es necesario ponerle el tipo en InnoDB, no en MyISAM ni ISAM.
La siguiente sentencia me bastó: ALTER TABLE nombre_tabla TYPE=InnoDB;
Poner el servidor de MySQL sobre TCP: En el archivo de configuración asegurarse que NO tenga la opción skip-networking activada, al comentarla abrí el server como quería. (Esto puede ser un problema de seguridad para algunos administradores)
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La verdad yo trabajo con GNU/Linux y actualizo la version de MySql a la mas nueva 5.sabeque alpha
por lo cual no he tenido este problema, Suerte!!!!!