En sitios como
www.mysql-hispano.com puedes encontrar tutoriales sobre "normalización" de Base de datos .. eso es lo que requieres para crear tus tablas y darles una relación entre ambas "lógica" .. tipo: 1-N (1 programa -> N categorías)
Por ejemplo:
tabla programas
id_programa^
id_categoria <-- clave foránea
nombre
blabla
tabla categorias
id_categoria
nombre
blabla
Luego tendrás que aplicar consultas SQL donde intervengan ambas tablas .. las consultas SQL se empiezan a complicar .. pero así es "SQL" .. un lenguaje estructurado de consultas que debes conocer además de "PHP" como ya estás usando. Las base de datos también tiene su própio lenguaje y sus reglas y técnicas como esa de "normalización" .. te recomiendo que te detengas un tiempo en aprender sobre "Base de datos", SQL, normalización y demás cosas que podrás ver en el link que te dejé. Así entenderas mejor como afrontar el diseño de una "base de datos" y como organizar tus datos y establecer las relaciones entre tus datos y como ha de gestionarlos tu aplicación (por muy pequeña que sea esta).
Un saludo,