todas las bases de datos son eso, bases de datos y todas sirven para almacenar datos.
la unica diferencia que veo que existen entre ellas es la capacidad de la cantidad de datos, y la cantidad de accesos simultaneos que aguantan cada una.
una db acces a la que se esta haciendo mas de 50 consultas simultaneas empieza a saturarse y va muy lenta. pero claro, para llegar a hacer 50 consultas simulataneas por lo menos has de tener 300 o 400 usuarios activos. no creo que nuca llegues a tener eso.
en cambio la bd acces solo puede hacer un update simultaneo, si haces mas de una actualizacion de un registro a la vez, pues peta y da error.
en mysql y sql server ya es otra cosa, estas si que pueden hacer mas de un update simultaneo (no se cuantos) y aguantas unas 250 o 300 consultas simultaneas, mas de esto tambien empiezan a saturarse y van un poco lentas.
la eleccion es tuya amigo...