Diferencia en procesos entre MySQL y SQL Server

[agenteK2]

Hola necesito de su ayuda, estoy trabajando con MySQL y SQL Server en un sistema con PHP los dos tipos de DBMS tienen la misma base de datos , los mismos datos, el problema es que al generar mis reportes con SQL Server son demasiado lentos :S , con MySQL se generan mas rapido. Alguien sabe que puede ser, a que se debe??

Gracias!

[BrujoNic]

Puede que sean los índices, el tipo de sentencia SQL que estes empleando, etc.