Seguramente el phptiead que instalaste traia una version mas viaje de MySQL. A mi me pasaba lo mismo, aunque no utilizaba el PHPAdmin. A partir de la version 4 MySQL reconoce las tabla InnoDB, en las anteriores no. Yo te recomiendo que bajes la 4.1.10 que es casi la mas nueva (ya salio la 5 beta creo) porque en estas tambien acepta subconsultas y en las anteriores no.
Hay una opcion en el sitio de MySQL bajas el archivo y lo descomprimis en la carpeta donde tenes el MySQL tuyo y listo no hay que hacer instalacion ni nada, solo modifica los archivos.
La podes bajar directamente de aca
MySQL 4.1.10 Son 35 MB
Espero que te sirva. Suerte!!!