Hola de nuevo.
Gracias a este enlace he solucionado el problema, por la parte que a mi respecta:
http://social.technet.microsoft.com/...&wa=wsignin1.0
En mi caso se trata de una aplicación de consola, y creo que la solución también funcionaría con una aplicación de WinForms.
Ésta se basa en compilar el proyecto para plataforma x86. De esta forma, cuando se ejecuta la aplicación bajo server 2008 forzamos a que funcione a 32 bits.
El motor Jet 4.0 parece que no es compatible con plataforma x64.
Para el problema inicial de este hilo, al tratarse de asp, pienso que la solución debe pasar por realizar un cambio parecido, pero sobre IIS.
Saludos.