Cita: Pero lo que no logro aun entender es que digamos que la de MYSQL trate de entrar en comunicacion con la de ORACLE cosa como un usuario quiera entrar a ver las facturas pero los permisos de MYSQL no lo dejen ...
Eso es otra cosa totalmente diferente.
Tu preguntaste por problemas en la coexistencia de dos DBMS diferentes. Problemas no hay.
Pero
comunicar dos DBMS diferentes para que interactúen y certifiquen datos entre ellos, es algo completamente diferente, y eso SI requiere mucho trabajo.
Y para que te quede bien claro: Que Oracle haya comprado MySQL cuando adquirió Sun Microsystems, no quiere decir que lo haya integrado a su DBMS, ni que lo vaya a hacer en el futuro (no lo hará).
Para los hechos prácticos, siguen operando como cosas independientes.
En ese caso hay que interfacearlos de algún modo, punto en el que tanto Oracle como MySQL tienen herramientas emrpesariales.