Asi es Novell desde sus primeras versiones hablemos de la 3.11 por ahi de 1990 permite el acceso a la red desde un disco de arranque utilizando ms-dos como arranque.
Ahora en 2004 novell 5.11 te permite acceder a la red pero ya no se utiliza MS-DOS, ahora es DR-DOS Caldera, y asi puedes acceder al server y bien tener un unidad logica F: en la cual tengas el cd completo de intalacion, no sabria como se comportaria la instalacion de win98 pero si es posible.
Ahora Windows 2000, se que se puede realizar algo parecido pero nunca puede hacerlo, busque informacion en varios lado y no encontre mucha por desgracia si hablas a Support de Microsoft ya no te dan el soporte para que MS-DOS se conecte a un dominio Win2000, ya que el cliente nativo de win2000 Server es Win 2000 Prof. y Win XP en adelante, lo que te dicen es que ms-dos y Win98 son para Win NT.
Lo que te puedo recomendar es que vas a tener que hacer la instalacion de cada una de las maquinas a manita, y bueno si las maquinas sin iguales en hardware puedes clonar el disco con el Norton Ghost. no le veo otra solucion.
Saludos