En dominio pones el dominio de esa cuenta de hosting que quieras crear (sin las www). Lo del subdominio seguramente sea por el host del servidor, el servidor tiene que tener un nombre y normalmente se usa un subdominio, no le des importancia.
En el paquete si tienes los paquetes creados marca el paquete de hosting que quieras asignarle a esa cuenta, si no lo puedes hacer de manera manual pero luego si tienes muchos para administrarlo será muy engorroso.
Y en la configuración DNS tu sabrás si quieres activar el DKIM, SPF, etc. para tu dominio.
Todo esto y mucho más se encuentra en la documentación de cPanel. ¿Tan difícil es
echarle un vistazo?
Y aunque pases olímpicamente de mi te vuelvo a decir que estás cometiendo una autentica temeridad. Lo último que se hace en un servidor recién instalado es crear la cuenta de hosting. ¿Has configurado todas las opciones de WHM? ¿Has revisado la política de seguridad? ¿Has ejecutado el EasyApache para instalar solo las extensiones que necesites? ¿Has configurado el firewall, antivirus, etc.?
Si no tienes idea sobre WHM y administración de servidores no te metas en estos berenjenales tan rápido o tendrás demasiados problemas a corto plazo.