Resulta que por error eliminamos dos registros generados por Gedmo Tree, asi que intenté reordenar los lft y rgt, pero simplemente no me funciona, tengo que registrar nuevamente todo el arbol: mi código para el reordenado es este
Código PHP:
// reordering the tree
$repo = $this->em->getRepository('Application\Entity\Menu');
$food = $repo->findOneById(2);
$repo->reorder($food);
Código PHP:
$repo->verify();
$repo->recover();
$this->em->flush(); // important: flush recovered nodes