Bueno, ya que nadie se anima a contestar pues me contesto yo sólo
La manera por la que he optado finalmente es por utilizar los archivos como helpers, ya que al cargar un helper lo que hace codeigniter es interpretar el código contenido en él pero no se instancia ningún objeto si el archivo lo contiene y no existe ningún tipo de restricción en cuanto a la sintaxis del archivo (de modo que podemos tener en un mismo archivo varias clases definidas e incluso podemos tener clases y funciones de programación estructurada en el mismo archivo). Una vez cargado el helper en el que tenemos definidas nuestras clases de POO ya podemos instanciar sus objetos:
Código PHP:
$this->load->helper('miclase_helper');
$mc = new MiClase();
$mc->metodo_de_mi_clase();
funcion_contenida_en_mi_clase_helper();
Bueno, pues no sé si será la solución más correcta pero al menos es una solución válida, si alguien tiene una propuesta mejor le agradecería que la comparta.
Un saludo!