Problema con referencias de URL con codeigniter

[@padawan@]

Que tal, bueno estoy desarrllando un backend en PHP con Codeingiter, es el primer desarrollo que realizo desde cero con CodeIgniter y la verdad esta muy bueno el framework .

Ahora me pasaron el maquetado para implementar , yo ya tenia todo el backend programado pero asi nomas con algunas etiquetas HTML, ahora me pasaron el maquetado final con el diseño final .

Entonces lo que hago es por ejemplo una pagina login.html por ejemplo que es el maquetado de la pantalla de login, pongo ese codigo HTML en login_view.php que esta ubicada en application/views/ .

El tema es que no se como arreglar la referencia de los src de los javascript, de los estilos, links, etc .

Por ejemplo,

Código PHP:

  <script src="js/jquery/custom_jquery.js" type="text/javascript"></script> 
  

Asi es el html original, como yo lo cargo en la vista dentro de application/views

Entonces lo que intenté es usar la función del helper URL current_url() , y lo antepuse a la direccion.

De esta manera:

Código PHP:

 <script src="<?php echo $site_url ?>/js/jquery/custom_jquery.js" type="text/javascript"></script>  

Pero me imprime lo siguiente :

Código PHP:

  <script src="http://localhost/carrito/index.php/js/jquery/custom_jquery.js" type="text/javascript"></script> 
  

Y tampoco esta bien, tenria que cargar los archivos desde la carpeta views , sino la otra es mover todo estos archivos al rout del site, pero no me parece una solucion prolija.

Como lo hacen ustedes? o como lo podria arreglar? mil gracias.