Codeigniter + mysql

[aniMAYtions]

Hola amig@s,

Estoy usando el framework Codeigniter para programar y una base de datos mysql.
Hago una consulta de eliminación de datos con subconsulta y se tarda tantísimo que el final me da error timeout. Os copio un poco el código a ver si podéis darme alguna solución.

Código PHP:

   $arraytablas = array( "tabla1", "tabla2", "tabla3", "tabla4", "tabla5", "tabla6");
for($i = 0; $i<count($arraytablas); $i++)
        {
            
            $query = "DELETE FROM " .$arraytablas[$i]. " where usuarioID not in (select usuarioID from tabla) and".$arraytablas[$i].".usuarioID != 0;";
            $resultado = $this->db->query($query);
            if ($resultado)
                $elmensaje .= "Se ha ejecutado el mantenimiento de la tabla " .$arraytablas[$i]. " satisfactoriamente...<br/><br/>";
            else
                $elmensaje .= "No se ha podido realizar el mantenimiento de la tabla " .$arraytablas[$i]. " en estos momentos. Inténtalo de nuevo más tarde.<br/><br/>";
        }
 
        return $elmensaje; 
   

Luego recojo el resultado en el controlador y se lo paso a la vista.
Creo que el problema está en el delete porque un select de más de 2000 registros me lo hace rápido.

Alguna idea de esto?
Gracias!!

[Libras]

Usa not exists en lugar del not in, da un mejor performance, y otra cosa el delete trata de hacerlo por lotes, esto es elimina primero N registros y despues otros N y asi

[aniMAYtions]

Muchas gracias!
La consulta ha ido esta vez muy rápida.