Hola juandedios, tendrias que armar en FLASH un reproductor de FLV 's, aca tenes un video tutorial que te indica como hacer uno
http://www.videoaprende.com/?p=77 . El tema es que tu reproductor tendria que recibir una variable pasada desde PHP con el nombre del FLV que quieras reproducir. Por otro lado algo que es muy importante y yo no se como se hace, es que los videos que suban tus usuarios tendrian que ser convertidos automaticamente a FLV,
aqui hay un post pidiendo ayuda sobre eso pero lamentablemente no tuvo respuesta.
Saludos