Con cuantas capas crees que has trabajado tu en tu aplicación?
Tienes al menos: campa de "negocios" (el código PHP estrictamente) y la de "presentación" (o Vista que llaman) que es donde presentas tus datos (usando en tu caso HTML/javascript/etc ..). Se que no es una explicación muy teoríca ..
Ahora .. tal vez no estén del todo "separadas" extrictamente si no usastes programación Orientada a Objetos (que es donde se usan esos términos más que en PHP aunque también puedes programar en OOP) y técnicas como "motores de templates" (como Smaty (
www.php.net/smaty) y afines ..
En cuanto a la capa de "datos" (no sé como se llama .. no estudio Ingenería) .. tampoco estará del todo "separada" pero es otra "capa más".
Un saludo,
PD :Recuerda que En forosdelweb.com tenemos el foro de "Ingenería del Software y Gestión de proyectos".