Siempre todos los que desarrollan ponen manuales de migración, por ejemplo:
Migración de PHP 4.x a 5.0.x, o:
Migración de PHP 5.3.x a 5.4.x
Repito es algo muy normal en software, y casi siempre entre versiones menores son compatibles, por ejemplo de PHP5.3.X (donde la X representa cualquier versión) a PHP5.4.X (donde X representa cualquier versión).
Obviamente tienes que apuntar a una versión en específico cuando vas a desarrollar, no puedes decir "ah pues a la que funcione" evaluas y dices, ok migraremos a por ejemplo PHP5.4.7, si sale una versión nueva (PHP5.4.8) evaluas los cambios, si son cosas que te impactan pues subes de versión, si no sigues en tu target.
Esa es la lógica que se aplica siempre en ambientes de producción, tienes que llegar a un "freeze" de versiones donde trabaja tu sistema y siempre hacer que tu sistema funcione en esas versiones que estas dando soporte.