Código PHP:
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$ruta_marca = 'imagenes/marca_de_agua.png';
$watermark = imagecreatefrompng($ruta_marca);
$ruta_imagen = '/imagenes/0206214701/DSCF0318.JPG';
$imagen = imagecreatefromjpeg($ruta_imagen);
$tamanyo_imagen = getimagesize($ruta_imagen);
$tamanyo_marca = getimagesize($ruta_marca);
$dest_x = $tamanyo_imagen[0] - $tamanyo_marca[0] - 10;
$dest_y = $tamanyo_imagen[1] - $tamanyo_marca[1] - 10;
imagecopymerge($imagen, $watermark, $dest_x, $dest_y, 0, 0,$tamanyo_marca[0], $tamanyo_marca[1], 100);
imagejpeg($imagen);
imagedestroy($imagen);
imagedestroy($watermark);