Puedes hacerlo de dos formas básicamente:
1) La manera fodonga
En el link que tú les envías y en el cuál tus usuarios hacen click, colocas la dirección de email como parámetro. Es decir, el link sería algo así como:
[email protected] 1) La manera confiable
Lo mismo, el link llevará un parámetro pero será una cadena que no se puede entender y por lo tanto no se puede falsificar tan fácil:
ruta-a-tu-sitio-web.com?user=hkhfsuhuwehfuewhfsdkufhdskfdwu
¿Cómo se genera esa cadena?
Hay muchas formas, puedes generarla tú con alguna función y luego insertar en la base de datos esa cadena de manera que cuando tu usuario haga click en el link, tú recibes como parámetro la cadena y la buscas en la base de datos para ve si coincide con la que tú habías guardado y si así es, pues entonces ya puedes saber qué usuario confirmó el registro.
Otra forma de generar una cadena aleatoria, la función:
password() de MySQL, toma como argumento una cadena (podría ser un username) y regresa una cadena de 16 caracteres de longitud que te sirve bien tus fines, checa más detalles sobre
password() en la docuentación de MySQL.