Pues que para PHP por lo menos uses Apache xDD.
En IIS .. PHP lo instalas como CGI mientras que en Apache puedes dejarlo como Módulo de Apache o bien como CGI también.
Y .. sobre los problemas con IIS . fijate bien en la configuración de PHP sobre temas como:
Cita: ; The root of the PHP pages, used only if nonempty.
; if PHP was not compiled with FORCE_REDIRECT, you SHOULD set doc_root
; if you are running php as a CGI under any web server (other than IIS)
; see documentation for security issues. The alternate is to use the
; cgi.force_redirect configuration below
doc_root =
Cita: ; cgi.force_redirect is necessary to provide security running PHP as a CGI under
; most web servers. Left undefined, PHP turns this on by default. You can
; turn it off here AT YOUR OWN RISK
; **You CAN safely turn this off for IIS, in fact, you MUST.**
; cgi.force_redirect = 1
Y otras referencias que hace sobre IIS y modo CGI en el php.ini ..
Hay muchas directivas que se refieren a esos temas que mencionas de rutas y demás ...
Un saludo,