Cita: ¿hay otra manera de recoger los valores de los checkbox seleccionados?
Cuando preguntas por "otra manera" es porque conoces una... pero no indicas cuál. Adivinos no somos
.
Básicamente, cualquier formulario puedes recuperarlo por POST y GET.
www.php.net/variables.external Cita: cada uno tiene un nombre distinto, ¿cómo los cojo?
Pués haciendo referencia a cada name individualmente. Igual dependendiendo de la carácterísticas de estos (quizá tengan una similitud) podrías emplear un bucle... supongo similar a como fueron generados (lo cual tampoco muestras).
Reviza el enlace que dejo, busca en el foro, los "checkbox dinámicos" es tema recurrente.