Estoy de acuerdo con lado2mx también te recomendaría hacer el sistema lo mas amigable posible recuerda que los entes gubernamentales son totalmente atecnologicos. y debes auditar tu código junto a otras cosas mas. el UML tienes que hacerlo por regla. y si no sabes trabajar con UML simplemente hazte el diagrama de flujo a nivel superficial con esto quiero decir , Como va a trabajar el sistema y como se va a relacionar dicho programa Web. Saludos y te digo no es nada fácil trabajar o hacer sistema de eGob (Gobierno En linea ) Te cuidado antes de hacerlo. puesto que los gobiernos siempre mandan a hacer un clon. Jejej investiga y hazlo por tus propios medios y después le vendes la licencia. Una buena presentación en vídeo y Folletos y el por que de la compra (marketing) también a lo que se refiere de código como dice lado2mx usa Objetos para arriba y para abajo. también Haz los módulos Cargarles . Con esto quiero decir que Cada modulo debe ser independiente de otro. ejemplo tienes una carpeta que se llame módulos/ y dentro de ellos subes tus modulos hechos con MVC (model view controler) también te recomiendo que sea multilenguaje . Wow es super extenso discutir este tipo de situaciones. Te recomiendo que te leas el libro egob de douglas Holmes
Suerte y éxitos con tu proyecto !