Pense en encriptar los datos que havia en ella, lo hice. Tambien queria encriptar la db entera, lei la guia de sqlite en php, y vi que a la hora de crearla se le podia ingresar una clave, hice esto pero igual se puede abrir y editar sin problema.
Mi codigo es este:
Código PHP:
$db = new SQLite3('base.db', SQLITE3_OPEN_CREATE ,'Clave');