Código PHP:
$pathXML = 'xml/VIAJ760925E83/2015-01/150114.cr-.0000014.VIAJ760925E83.DDD123456DDD.xml';
$pathXMLenc = urlencode(base64_encode($pathXML));
$pathPDF = 'pdf/VIAJ760925E83/2015-01/150114.cr-.0000014.VIAJ760925E83.DDD123456DDD.pdf ';
$pathPDFenc = urlencode(base64_encode($pathPDF));
<a href="<?=$pathXMLenc?>">XML</a>
<a href="<?=$pathPDFenc?>">PDF</a>
El problema es que manda a un link que dice Not Found