Problema con paginación WORDPRESS

[xqb22]

Tengo un problema. La paginación en Wordpress. A continuación les mostraré un loop normal, para hacer una búsqueda. Es simple.

Código PHP:

  <?php if (have_posts()) : 
                        while (have_posts()) : the_post(); ?>   

Código HTML:

 <h4 class="resultado-busqueda-titulo">
                                <a href='<?php the_permalink() ?>'><?php the_title(); ?></a>
                            </h4> 

Código PHP:

  <?php endwhile; ?>
                        <?php  else: ?>
                        <?php _e('Lo sentimos, no hay resultados con este término de búsqueda.'); ?>
                <?php endif; ?>   

Aclaro que todo es un mísmo loop en tres pedacitos. Solo que está mezclado PHP Y HTML y quise diferenciar
La situación es, para que se vaya entendiendo, quiero mostrar 12 resultados por página, es decir, cuando haga una búsqueda, devuelvan 12 resultados. He estado leyendo, primero utilicé "query_post('post_per_page=12')" o algo así y suceden tres cosas, tal vez sucedan mas:
1 - Me muestra los mismos resultados a la vez y la paginación desaparece, es decir si hay 25 entradas, me muestra doce y no me permite cambiar de página para ver más resultados, la paginación desaparece.

2- No me muestra nada. Es decir, como que si devuelve algo, pero no lo muestra. Porque le escribo algo para buscar ("una palabra que si existe en mis entradas") y me muestra un resultado en blanco, sin embargo si le escribo algo como "asdjieidjas" me devuelve "Lo siento, no hay resultados para mostrar", que es el msj por defecto que yo le puse.

3- Me muestra los resultados, pero por ejemplo sin son 25 entradas en Wordpress, entonces me muestra los primeros 12, y luego otros 12, y faltaría una entrada y cuando le doy en un botón de "Ver siguientes" (Para ver los resultados restantes) me manda a la página de error 404. Y buenoo!

He estado leyendo y Query_post altera el loop principal de WP, también se que se tiene que resetear en el loop que quiero alterar. Anteriormente he estado utilizando "wp_query" que segun el codex de WP es mejor utilizarlo que el query_post.

Foreros. ¿Alguien sabe como alterar mi "loop" y no el principal de wordpress, para que funcione mi paginación?.