La expresión "fornt-end" se refiere, en bases de datos, a cualquier aplicación que se use para acceder a la base por medio de ejecución consultas SQL directas, sin mediar formularios o vistas de aplicaciones de ninguna clase.
phpMyadmin es un fornt-end para MySQL, aunque no el mejor.
En cuanto al problema, ya te lo respondí:
Cita: Si en la base (...) los caracteres están bien, entonces el error está en programación de PHP, y no en la base.
Es decir, hay errores en tu manejo a nivel programación, y eso es tema del foro de PHP. El problema puede estar tanto en cómo los obtienes, en la forma en que los procesas, o como los muestras en la web. En alguna parte hay una collation o charset que deforma todo.
Movido a PHP.