Es raro!, date una leída a los comentarios de los usuarios sobre la función is_file:
http://ar2.php.net/is_file
También intenta de limpiar cache con
http://ar2.php.net/manual/es/functio...rstatcache.php
Esto para is_file, para is_dir no sé que decirte, jamás me paso algo así...se me ocurren varias cosas para mirar, pero fijate:
Que permisos y grupo tienen? hay que ver quién ha creado estos dirs/files, no siempre apache/php tiene permiso sobre todo. Mirá el grupo sobre todo, no que tenga permisos 777 es full (si al grupo que estés, pero a lo que voy es que por ahí están cruzados los usuarios ftp y apache/php en distintos grupos)
Espero te ayude un poco lo que escribí, contanos como la llevas...