problema con clase

[sintesk7]

Hola a todos,

Tengo esta clase (me la descargue) que traduce secuencias de ADN a proteinas.

Código PHP:

  <?php
class BioTranscription
{
  function BioTranscription()
  {
$this->amino_acids = array('Asp' => array('name' => 'Aspartic acid',
                                                'shortname' => 'Asp',
                                               ),
                                 'Glu' => array('name' => 'Glutamic acid',
                                                'shortname' => 'Glu',
                                               ),
                                 'Gly' => array('name' => 'Glycine',
                                                'shortname' => 'Gly',
                                               ),
                                 'Phe' => array('name' => 'Phenylalanine',
                                                'shortname' => 'Phe',
                                               ),
                                 'Leu' => array('name' => 'Leucine',
                                                'shortname' => 'Leu',
                                               ),
                                 'Ser' => array('name' => 'Serine',
                                                'shortname' => 'Ser',
                                               ),
                                 'Tyr' => array('name' => 'Tyrosine',
                                                'shortname' => 'Tyr',
                                               ),
                                 'Cys' => array('name' => 'Cysteine',
                                                'shortname' => 'Cys',
                                               ),
                                 'Trp' => array('name' => 'Tryptophan',
                                                'shortname' => 'Trp',
                                               ),
                                 'Pro' => array('name' => 'Proline',
                                                'shortname' => 'Pro',
                                               ),
                                 'His' => array('name' => 'Histidine',
                                                'shortname' => 'His',
                                               ),
                                 'Gln' => array('name' => 'Glutamine',
                                                'shortname' => 'Gln',
                                               ),
                                 'Arg' => array('name' => 'Arginine',
                                                'shortname' => 'Arg',
                                               ),
                                 'Ils' => array('name' => 'Isoleucine',
                                                'shortname' => 'Ils',
                                               ),
                                 'Met' => array('name' => 'Methionine',
                                                'shortname' => 'Met',
                                               ),
                                 'Thr' => array('name' => 'Threonine',
                                                'shortname' => 'Thr',
                                               ),
                                 'Asn' => array('name' => 'Asparagine',
                                                'shortname' => 'Asn',
                                               ),
                                 'Lys' => array('name' => 'Lysine',
                                                'shortname' => 'Lys',
                                               ),
                                 'Val' => array('name' => 'Valine',
                                                'shortname' => 'Val',
                                               ),
                                 'Ala' => array('name' => 'Alanine',
                                                'shortname' => 'Ala',
                                               ),
                                );
    
      $this->codons = array('G' => array('G' => array('G' => &$this->amino_acids['Gly'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Gly'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Gly'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Gly'],
                                                     ),
                                         'A' => array('G' => &$this->amino_acids['Glu'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Glu'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Asp'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Asp'],
                                                     ),
                                         'C' => array('G' => &$this->amino_acids['Ala'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Ala'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Ala'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Ala'],
                                                     ),
                                         'U' => array('G' => &$this->amino_acids['Val'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Val'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Val'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Val'],
                                                     ),
                                        ),
                            'A' => array('G' => array('G' => &$this->amino_acids
                            'U' => array('G' => array('G' => &$this->amino_acids['Trp'],
                                                      'A' => 'stop',
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Cys'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Cys'],
                                                     ),
                                         'A' => array('G' => 'stop',
                                                      'A' => 'stop',
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Tyr'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Tyr'],
                                                     ),
                                         'C' => array('G' => &$this->amino_acids['Ser'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Ser'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Ser'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Ser'],
                                                     ),
                                         'U' => array('G' => &$this->amino_acids['Leu'],
                                                      'A' => &$this->amino_acids['Leu'],
                                                      'U' => &$this->amino_acids['Phe'],
                                                      'C' => &$this->amino_acids['Phe'],
                                                     ),
                                        ),
                            'start' => 'AUG',
                           );
  }
  
  function mrna_to_pepchain($mrna)
  {
    $mrna = strstr($mrna, $this->codons['start']);
    for($i=3;$i<strlen($mrna);$i=$i+3)
    {
      $j=$i; $j++;
      $k=$i; $k=$k+2;
      if( $this->codons[$mrna{$i}][$mrna{$j}][$mrna{$k}] == 'stop')
      {
        break;
      }
      $pep .= $this->triplet_to_pep($mrna{$i}.$mrna{$j}.$mrna{$k}).'-';
    }
    $pep = substr($pep, 0, -1);
    return $pep;
  }
  
  function triplet_to_pep($trip)
  {
    return $peptide = $this->codons[$trip{0}][$trip{1}][$trip{2}]['shortname'];
  }
}
$trans = &new BioTranscription();
$pepchain = $trans->mrna_to_pepchain('AUGAAACCCUGA'); //mRNA, from 5' to 3'
print $pepchain; //Should print out "Lys-Pro" 
 
?>   

El problema que tengo es que no sé como llamar a esta clase, es decir me gustaria implementar un text area en una página que llamara a esta funcion i que "tradujera" a proteinas la secuencia que se introdujera en el text area.

Un Saludo

[sintesk7]

Nadie sabe como hacerlo?

[sintesk7]

lo que hace esta clase es transformar "tripletes" de letras, por ejemplo (AUU) en su correspondiente aminoácido.

Lo que no sé es como llamar a esa clase para que haga lo que quiero

[HerSAn]

Iniciado por sintesk7

lo que hace esta clase es transformar "tripletes" de letras, por ejemplo (AUU) en su correspondiente aminoácido.

Lo que no sé es como llamar a esa clase para que haga lo que quiero

Bueno lo primero que te voy a recomendar es que leas la documentacion de php sobre el uso de objetos, para que comprendas su sintaxis, luego si descargas una clase aprende a leer el codigo para comprenderla y sepas que puedes hacer con ella. Y lo comento por que preguntas como implementarla, pero es evidente que no sabes como trabajar con objetos, ya que en el codigo que dejaste en este mensaje viene de manera sencilla como se usa la clase, inclusive le pasan una cadena de ejemplo; asi que a esa parte de codigo voy a hacer referencia ya lo que hagas apartir de eso sera hacer tu forma que envie la cadena que tenga que tranformar y devolver el resultado.

Código PHP:

  // esta parte d ecodigo es lo que tienes que hacer para
//usar la clase y viene junto con el codigo que pusiste.
$trans = &new BioTranscription();
$pepchain = $trans->mrna_to_pepchain('AUGAAACCCUGA'); //mRNA, from 5' to 3'
print $pepchain; //Should print out "Lys-Pro"