Primero que nada yo diría que es un tema para ir en el foro de base de datos... de todas formas te comento más a omenos por donde viene el tema. Si no me equivoco una de las opciones de los campos cuando armas tu tabla en la DB es algo así BINARY (o parecido) en MySql esto define si el campo es case sensitive (si diferencia entre mayusculas y minusculas), esto sería algo que tendrias que revisar en tu tabla, realmente no estoy seguro si una ves que la tabla tiene registros se puede cambiar pero tendrias que preguntar en el foro correspondiente (seguro que ahí te responde con más propiedad que yo). Otra cosa que no me quedo claro (es medio confuso tu post, o por lo menos para mi) es si tienes problemas con los acentos, si los tienes tendrias que revisar la codificación de la DB, tendria que ser LATIN1 o ISO-8859-1 (creo que era esta, verificalo), o podria ser UTF-8 que permite todo "tipo" de caracteres (por ejemplo, japoneses, arabes, etc) pero para agregar datos en una DB codificada en UTF-8 vos antes de insertarlos a la DB tenes que codificarlos a esté, en PHP está la función
utf8_encode() para hacerlo.
Saludos y suerte.