Te daré la idea, implementarlo va de tu parte...
El formulario constará de...
a) Un input "file" donde se seleccionará el archivo a subir
b) X input "radio", donde se elegirá la carpeta donde se guardará el archivo, en el value guardas el nombre de la carpeta que previamente debe existir en el servidor, (X será el numero de carpetas)
Ya cuando subas el archivo y lo muevas a su destino final, agregas al nombre (anteponiendo obviamente) el nombre de la carpeta que ah elegido en el formulario...
Código PHP:
Ver original<?php
//código para subir el archivo...
$guardar = $_POST['archivo'].'/'.$nombre_archivo;
//mas código para guardar el archivo...
Hay otra opción mas complicada, que es sacar el nombres de las carpetas dinamicamente, pero eso ya es mucho mas "complicado"....