Lo primero que tendrías que hacer es no permitir el acceso a tus archivos mediante un enlace directo, esto significa no guardar los documentos en un directorio público: fuera del directorio raíz de tu sito o en una base de datos podría ser.
Posteriormente tendrás que escribir un script PHP que leerá ese archivo y lo forzará a que se descargue. En dicho script podrás hacer validaciones si así lo requieres (permisos, usuarios, tipos, fechas... tú sabrás).
Busca en el foro sobre la descarga de archivos, no es la primera vez que se pregunta. Podría servirte el tutorial de cluster para guardar archivos en la base de datos (búscalo así). Igual tenemos un espacio con aportes de otros usuarios, búscalo debajo de las FAQ, seguro habrá algo de dónde partir.
Suerte
Edit: enlace directo
http://www.forosdelweb.com/f18/aport...as-php-569025/