Trata lo esto, busca en el archivo config.inc que esta en la carpeta del PHPMyAdmin lo siguiente:
Código PHP:
$cfgServers[1]['only_db'] = '';
Mira que en ='' este así... vacio y que por ejemplo no salga así..
Código PHP:
$cfgServers[1]['only_db'] = 'nombre_db';
Si así fuese.. borra nombre_db (que seguro es el nombre de una de las Db que tiene tu usuario) y no pones nada...
Yo creo que así te debe mostrar las 2 DB.
Si no sucede pues... no tengo idea... ojala que alguién más te resuelva la duda.
Bueno, hasta pronto.