Se puede.
Siempre y cuando entiendas el entorno en el que cada lenguaje es interpretado. Javascript se interpreta en el navegador (cliente) mientras que PHP se interpreta en el servidor.
Por lo tanto, para pasar un valor de PHP a javascript, debes hacerlo ANTES de entregarle el documento al usuario...
<script>
var MiNumeroJS="<? echo $minumeroPHP; ?>"
</script>
Una vez entregada la pagina al navegador, lo que le hagas a la variable en Javascript NO afectará a la variable de PHP.
Para afectar una variable de PHP desde Javascript, debes hacerlo AL SOLICITAR LA PAGINA, es decir, por medio de un formulario o por medio de el querystring...
<script>
window.location.href ="script.php?numero=" + MiNumeroJS
</script>
Como podrás ver, si es posible intercambiar variables entre ambos lenguajes, pero solo durante las transacciones de información entre ambos entornos.
Saludos!