1) PHP funciona con MS SQL Server o Mysql (y otras tantas BD) .. de forma nativa o por ODBC. Msyql tiene la ventaja que te puedes llevar tu sitio a servidores Linux/UNIX sin ningún problema .. Por el contrario si pretendes usar PHP (bajo Linux) contra tu BD (MS SQL Server en Windows) .. se complica el tema, baja el rendimiento .. no es lo optimo.
(Visto desde el punto de vista PHP->BD .. no sobre rendimiento o funcionalidades en sí de cada RDBMS mencionado)
2) .. Si no cambias PHP a Linux .. no tendras problemas .. SI todo corre bajo windows .. todo Bien con MS SQL Server.
3) Depende de tu estructura de tu Base de datos y consultas SQL que has hecho .. así te será más sencillo migrar hacia Mysql o no .. Mysql (versión 4.0 e inferiores) no soporta triggers, store procedures, subconsultas standards (de la forma que lo puedas hacer en MS SQL Server ..) y no se trabaja igual un "paginado" de registros (en MS SQL Server tienes TOP .. en Mysql es LIMIT y no se trabaja igual) .. Eso entre otras cosas. Si tienes oportunidad de usar Mysql 4.1 .. ahí por lo menos ya puedes usar subconsultas de la forma standard, usar store procedures (todavía no triggers) y algunas otras cosas más referentes al ANSI noseucantos del SQL 9x?
Por lo demás .. para futuros cambios de BD te resulten menos drásticos puedes ir usando desde YA! classes (o capas) de abstracción de Base de datos como por ejemplo:
ADOdb
http://adodb.sourceforge.net/
Eso te permite migrar tus aplicacioens de BD más fácilmente .. incluso solventan algunos problemas de SQL a base de métodos própios (como por ejemplo el tema del TOP vs LIMIT) y otras cosas.
Un saludo,