Orden directorio web

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Hola amigos de fdw, tengo una duda acerca de como se ordenan los directorios.
La duda esta en las direcciones abosolutas y demás.
Mas o menos como estaría armada una web?
Algo así?

/
/Imagenes
/CSS
/Plugins (carpetas con scripts y eso)
/Cabecera.html
/index.php
/footer.php
etc etc...

La cuestión está en qe qiero tener todo bien ordenado desde un principio... entonces pensé en por ejemplo todos los archivos del login, ponerlos en /login
todas las opciones del perfil en /perfil y todo así, pero el problema surge ruteando las cosas qe estan dentro de esa carpeta

como se deberian llamar los archivos? ../ tengo qe poner todo así? no encontre en internet porqe no supe qe tags poner para buscarlo.. hace mil tengo la misma duda, espero me orienten o me pasen algun link qe lo expliqe. Gracias

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claro lo correcto a lo que dices es usar el ../ o sea ya sabes que ../ es ir un directorio atras...si colocas ../../ son dos directorios atras! y asi sucesivamente...muchos programadores tienen todos sus codigos mezclados alli jaja..pero algunos somos algo ordenados y tenemos cosas como imagenes css javascripts en directorios distintos! te recomido si...que codigos como por ejemplo la conexion a la base de datos, la cabecera..los hagas en un archivo aparte y los incluyas en las demas paginas con include();....bueh alguna duda mas...pregunte ps :D saludos!

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Gracias por tu respuesta!
pero si yo creo una carpeta llamada perfil por ejemplo y pongo las cosas del pefil ahil, cuando le pongo a las imagenes por ejemplo 'imagenes/img.1' me la transforma automaticamente en perfil/imagenes/img o sea, me sube todo un directorio pero las cosas no estan dentro de esa carpeta.. cual es la forma correcta del todo? como indico qe la qiero rutear a partir de la raiz? o tengo qe poner desde perfil ../imagenes/img.1 para qe salga del directorio perfil y entre en el otro? No se si me explique bien! :P espero qe si. Gracias por la respuesta :P

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Todo depende de dónde hagas la llamada a los archivos finales.
Por ejemplo, tu index está en la raíz. Éste hace un include al archivo perfiles/perfil.php
dentro de perfil.php tienes una instrucción para mostrar una imagen que está el img/avatar.jpg

Bueno, pues aunque perfil.php esté dentro de /perfiles, en realidad fue llamado desde la raíz por index.php, por lo que para fines prácticos, cuando llame a la imagen, ésta estará tal cual, es img/avatar.jpg.