Código PHP:
<form name="formulario" method="post" action="../tesoreria/marcar.php">
<table>
<tr valign="middle" bordercolor="#FA8072" bgcolor="#3CB371">
<td width="auto">Folio</td>
<td width="auto">Matrícula trabajador</td>
<td width="auto">Fecha de generación del pliego</td>
<td width="auto">Número de días de la comisión</td>
<td width="auto">Pliego que incluye sabado o domingo en su periodo de comisión</td>
<td width="auto">Pliego Aprobado</td>
<td width="auto">Pago del Pliego</td>
<?php
while($row=mysql_fetch_assoc($tesoreria))
{?>
<tr>
<td width="100px"><input type="checkbox" name="folio" value="<?php echo $row['folio_dep'];?>><?php echo $row['folio_dep']?></td>
<td><?php echo $row['matricula_emp']?></td>
<td><?php echo $row['fecha']?></td>
<td><?php echo $row['Num_Dias']?></td>
<td><?php echo $row['fin_semana']?></td>
<td><?php echo $row['Pliego_Aprobado']?></td>
<td><input name="color_caja" id="color_caja" type="text" value="<?php echo $row['cantidad'];?>"></td>
</tr>
<?php } ?>
</table>
<input type="submit" value="MARCAR COMO PAGADO"/>
</form>
Espero haberme explicado bien.