1) Bajo mi punto de vista ... sería una combinación entre Dreamweaver (por la parte HTML y demás) y Zend Studio (por el depurador y generación de código PHP).
Reamente en PHP no hay "mega IDE" como podría ser .NET para el desarrollo. Pero si que tienes algunas pocas buenas herramientas que bien combinadas pueden servirte.
2) El mejor "GUI" (no IDE) (Graphics User Interface) .. Depende para que S.O. lo quieras .. pero a mi me gusta mucho Navicat (
www.navicat.com) para Windows (execlentes asistentes para generar consultas SQL y muchos filtros para importar/exportar datos) en conjunto con DB Designer (
http://www.fabforce.net/dbdesigner4/) (para modelar la BD)
3) .. Yo usaría el buscador para ver ese tema .. se ha hablado tanto ... simpre la conclusión suele ser "todo depende de tu proyecto a realizar" .. No es lo mismo que hablemos de implementar un simple foro para una web cualquiera .. que un sistema bancario que tenga que integrar otros sistemas conectandose a ellos .. etc.
Sólo te puedo comentar en generar que PHP no depende del S.O. del servidor .. tiene sus versiones para WIndows y Linux (*Nix) .. no como pasa con otros lenguajes.
Un saludo,