haciendolo rapido los pasos serian estos
en la tabla del usuario tendras que tener un campo usuario activo (si/no) por ejemplo.
en el mail, tienes que generarle un enlace
(http://www.xxxx.com/activacion.php?id=xxx&
[email protected])
a tu web que llame a una funcion de activacion
activacion.php
$id=$_GET['id'];
$email= $_GET['email'];
si usuario con id y email existe y activacion='no'
actualizamos el campo activacion de la tabla
UPDATE tabla SET activado='si' WHERE id='$id' and email='$email'
y le enviamos otro correo como que todo ha ido bien.