hola Reni39, lo ideal es hacerlo antes... osea, no pienses que PHP es como Javascript... no necesariamente debe ir en el body, head, etc.
así que, has tu proceso siempre antes de todo... es lo ideal!
con respecto a los checkbox, con este simple ejemplo
Código HTML:
<input type="checkbox" name="foo[12]" value="bar"/>
<input type="checkbox" name="foo[5]" value="candy"/>
estamos creando un array de checkbox, y para leerlos desde PHP (sacar su valor) usamos el arreglo GET/POST, depende del método que usemos....
Código PHP:
print_r($_POST['foo']);
echo $_POST['foo'][5]; // candy
el proceso de multiples ID es lento, si hablamos de muchos... y lo hacemos en un bucle
lo ideal, es usar la sintaxis de SQL natural y no explotar tanto el PHP .... por ejemplo, la eliminacion multiple...
Código:
DELETE FROM `tabla` WHERE item_id IN(12,5)
notemos que los ID son los mismos, así debería ser esta consulta.... bueno, hay que generarla...
Código PHP:
$ids = join(',', array_keys($_POST['foo'])); // 12,5
$sql = "UPDATE `tabla` SET item_state=IF(item_state=0,1,0) WHERE item_id IN($ids)";
bueno, el concepto es ese... en el foro hay mas ejemplos, espero les sirva
suerte!