Este código (extraido del sitio oficial) en teoría hace eso, pero la imagen me la deja siempre a la izquierda y el fondo a la derecha, no me la centra.
Código PHP:
convert input.jpg -resize 800x600 -background black -compose Copy
-gravity center -extent 800x600 output.jpg
Y probado diferentes códigos y no doy con la tecla.
Edito.
El código funciona perfectamente, en el servidor de 1&1 lo hace correctamente, es por la versión que tengo instalada en Windows de imagemagick. Solo funciona en las versiones más recientes.
Se puede cerrar.