hola que tal,
el problema que tienes, eslogico, porque como php se ejecuta del lado del servidor, al enviar el header de redirección con header('Location: pagina.php'); esto va a ocurrir dentro de tu iframe porque para el navegador, es una pagina web como la estas llamando dentro de tu iframe, todo lo ejecuta ahi como lo mencionas.
la forma de interactuar con tu parent (osea la pagina donde esta tu iframe), es por medio de javascript, esto es muy sencillo de hacer:
utilizas la propiedad:
window.parent.location.href
un ejemplo:
Código HTML:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
window.onload = window.parent.location.href = "pagina.php";
</script>
</head>
<body>
<p>redireccionando...</p>
</body>
</html>
espero que te sirva,
Saludos,
Carlos Alejandro