Puedes guardar en tu BD tan sólo la referencia del nombre del archivo (y/o opciona la ruta hacia el archivo). Es una de las soluciones más efectivas para muchos casos y más simple de implementar.
Ahora, .. no sé si el archivo en sí lo tienes ya en tu servidor o debes hacer un gestor de contenidos como para poder subir el archivo también a tu servidor y de ahí referenciarlo en tu BD (sólo el nombre del archivo como un campo más de cadena/string).
El tema de abrir esos archivos, modificarlos y dejarlos donde están .. en principio se trata de "bajar" el documento en cuestión y cuando esté realizada la modificación lo tendrás que "subir".
Si no quieres reinventar la rueda otra vez .. pasate por sítios como
www.hotscripts.com y busca un gestor de archivos .. que hay muchos ya implementados con todo incluido: Upload (subir), Download (bajar) y gestión de directorios/categorías para los mismos con descripciones y demás.
Un saludo,