Guarda caracteres extraños al subir archivos al servidor linux con php

[climax2006]

Hola:
Mi consulta es que tengo un error al subir un archivo con php y un servidor linux(Centos), algunos arhivos tienes caracteres ñ y tildes, al insertar en la bdd no tengo problemas, sino que al subir el archivo este lo guarda pero si lleva ñ o tilde lo deja con ? u otros caracteres extraños, use las funciones utf8_decode y ut8_encode, pero no los guarda igual.
¿Como lo puedo dejar con el nombre original, osea con ñ y tildes? y si no fuera posible , como puedo renombrar el archivo??

[emiliodeg]

para sacar todos los caracteres no validos de uno nombre
$nombre = preg_replace('/[^a-z-0-9]+/is','',$nombreArchivo);